肛瘘一般没有疼痛感，这是因为肛瘘常发于直肠周围的间隙，间隙中充满脂肪结缔组织，神经分布很少，感觉迟钝，所以患者无明显疼痛，易延误治疗而形成脓肿和瘘管。但这并不是说肛瘘就不会引起疼痛，当管道外口闭合，或引流不畅导致脓液积聚时，可出现局部的胀痛或跳痛。
1、瘘道弯曲、或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘道不易愈合。
2、肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。
3、结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
4、肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
5、肛瘘形成的原因之直肠肛门损伤、外伤。肛肠专家强调：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。
提示：如果肛瘘的内口较大，排便时粪便可进入管道，会引起较为剧烈的疼痛，也有的患者会出现肛门附痛，或腰骶部酸痛。
